O laboratório de ozônio estuda queimadas da Amazônia e os efeitos que estas produzem sobre a atmosfera.

A queimada transforma a biomassa seca em gases, cuja concentração em geral é muito pequena, daí falar-se em gases traço (ou gases minoritários). Os gases que são estudados são: ozônio (O₃), e gás carbônico (CO₂); estes são medidos quase que instantaneamente, o primeiro pela técnica de absorção de um feixe de radiação UV artificial, produzido por uma lâmpada, e o segundo por absorção de radiação infra-vermelha num processo não dispersivo. Este tipo de instrumento tem sido usado no solo, e montado em aeronave, principalmente no avião Bandeirante do INPE.

Outros gases traço são amostrados in situ por coleta em frascos especiais e levados ao laboratório para análise cromatográfica. Estes gases são o monóxido de carbono (CO), o metano (CH₄), e o óxido nitroso (N₂O). Medidas de superfície de longo prazo para CO e O₃ foram feitas em Cuiabá (16° S, 56° W) ver Kirchhoff, 1996.

Além disto, missões específicas de duração limitada tem sido realizadas na Amazônia usando também a técnica de sondagem usando balões meteorológicos carregando sondas do tipo ECC (Concentração Eletro Química).
Com esta técnica mede-se a concentração do ozônio em função da altura, na troposfera e na estratosfera. Esta técnica está sendo usada também em Natal, RN, num programa de longo prazo em colaboração com a NASA, de Wallops Island, e que tem o objetivo de obter medidas de ozônio em baixa latitude.

Estuda-se a variação sazonal das concentrações, sua variabilidade anual em função dos índices de queimadas e niveis de desflorestamento. As variações com altura foram também estudadas com o uso de aeronaves.